Tehditlerin ortaya çıkması ve yaygınlaşması email sistemi üreticilerini önlemler almaya yöneltmektedir. Üreticiler sistemlerini bilinen tehditlere karşı koruyacak önlemlerin bazılarını sistem içine yerleştirmektedir. Spam, spoof, relay gibi tehditlere karşı pek çok email sisteminde ek uygulamalara gerek olmadan önlem alınabilmektedir.


Yine, kötü niyetli saldırganların, email sistemlerine sızmasını ve verilere zarar vermesini önleyici temel güvenlik uygulamaları da email sistemleri içinde yer almaktadır. Kullanıcı posta kutularına şifrelerle erişilebilmesi, sistem ayarlamalarının belirli yetkilere sahip kişilerce yapılabilmesi gibi önlemler pek çok email sisteminde yer almaktadır. Ancak, bu önlemlerin yetersiz kalabileceği düşünülerek, ek önlemler almak gereklidir.


İstenmeyen mesajların engellenmesi ve mesajların bazı özelliklerine göre sınıflanması gibi özellikler de email sistemleri içinde bulunabilmektedir. Bu özelliklerin kullanılması yoluyla tehditler bir ölçüde önlenebilmektedir. Ancak çoğu zaman email sisteminin bu amaçla sunduğu önlemler yetersiz kalmaktadır. İstenen uygulamaların yapılabilmesi için ek programlar kullanılabilmektedir.


Email server sistemlerinden bazıları standart veri şifreleme tekniklerini kullanabilirler. Böylece gelen mesajları şifreleyerek depolama ve gönderme işlemlerini yapabilirler. Gelen mesajlardan şifreli olanları da çözebilirler. Şifreleme ve şifre çözme email kullanıcı programı seviyesinde de gerçekleştirilebilen işlemlerdir.